COOPI è presente in Somalia dal 1980, con iniziative sanitarie di vario tipo, dalla gestione di ospedali ai programmi nutrizionali, dalla bonifica del territorio al controllo delle endemie di colera, tifo, tetano, tubercolosi. Le operazioni realizzate in Somalia sono coordinate dall’ufficio di Nairobi, tuttavia l’intervento di COOPI è differenziato a seconda delle aree del paese in cui è presente. In Somaliland, l’organizzazione ha sviluppato storicamente progetti di sanità, settore in cui è diventata un punto di riferimento grazie alla gestione di quattro ospedali.

Nel Sud, dove le questioni cruciali sono la siccità e il rischio di carestie, i progetti seguono le tipologie di drought preparedness, water/sanitation, food security, sia a sostegno del patrimonio zootecnico, fonte primaria di ricchezza in un contesto caratterizzato da un’economia di tipo pastorale, che a supporto dell’agricoltura di sussistenza in diverse zone del paese, attraverso attività di supporto alla produzione.

Nella sanità, COOPI si è inizialmente occupata di dare supporto ai servizi sanitari di zona in collaborazione con autorità locali e altre agenzie internazionali operanti nel settore. COOPI ha inoltre organizzato corsi di formazione per il personale sanitario e corsi per la gestione amministrativa e manageriale degli ospedali delle regioni interessate, per esempio l’ospedale di Baidoa. Vanno menzionati i progetti specifici contro HIV e tubercolosi finanziati dal Global Fund, fondo stanziato da un gruppo di organizzazioni internazionali proprio per la lotta contro AIDS. Dal 2009 COOPI supporta Stop TB, la campagna globale di lotta contro la tubercolosi.

Negli ultimi anni l’impegno di COOPI si è maggiormente rivolto al settore Food Security and Livestock attraverso interventi diversificati e finalizzati a migliorare la disponibilità, la quantità e l'igiene dei prodotti zootecnici per le famiglie di allevatori e agricoltori. Nel 2009 COOPI ha avviato diversi progetti nella parte centrale e meridionale del paese a sostegno degli allevatori attraverso vaccinazioni, migliori condizioni igieniche e formazione.